Díky tzv. dobrovolné dohodě vlády ČR a plynárenských společností byl nastaven daňový systém umožňující rychlejší nástup ekologicky příznivějších technologií spalovacích motorů.
Daňové zvýhodnění CNG automobilů se dotýká těchto daní:
Spotřební daň – resp. daň dle zákona 261/2007 Sb., o stabilizaci veřejných rozpočtů – stanovuje v § 4 pro CNG, tj. pro stlačený zemní plyn určený k použití pro pohon motorů dle odstavce a), tyto daňové sazby:
Při porovnání se spotřebními daněmi uplatněnými na kapalné ropné pohonné hmoty (benzin – 12,84 Kč/l, nafta 10,95 Kč/l a 2,15 Kč/l LPG) se jedná o velmi nízké sazby. Obecně lze konstatovat, že cena CNG bude stále o cca 40 % nižší než cena benzinu.
Pojištěním u některých značek si lze snížit sazbu za povinné ručení. Motor CNG využívá vysokého oktanového čísla 130 a v případě přeplňovaného motoru pak má při nižším obsahu ccm srovnatelný výkon se vznětovým (dieselovým) motorem, který může mít i vyšší obsah ccm.
Silniční daň Od 1.1.2009 dle § 3 odst. f) zákona č. 16/1993, Sb. o dani silniční, je, pro vozidla pro dopravu osob nebo pro vozidla pro dopravu nákladů s největší povolenou hmotností do 12 tun, která používají jako palivo CNG, nulová sazba daně.